Początki powstania Kaplicy św. Barbary w Warszawie sięgają 1782 roku, kiedy został założony Cmentarz Świętokrzyski. Z inicjatywy księdza Gabryela Wodzyńskiego dopiero w 1788 roku ludzie zaczęli urządzać tam pogrzeby swoich bliskich. Napisał on bowiem w swoim testamencie, że chce, aby jego ciało zostało właśnie tam pochowane. W 1836 roku nastąpił przełom, gdyż ówczesne władze zabroniły urządzania pogrzebów na Cmentarzu Świętokrzyskim.
W 1866 roku kaplica wróciła do łask, ponieważ została przemianowana na kościół pod wezwaniem Świętej Barbary. Niestety z racji swoich rozmiarów mógł on pomieścić zaledwie dwieście osób. Piętnaście lat później zapadła ważna decyzja, w myśl której kaplica została rozbudowana, co zwiększyło dwukrotnie jej pojemność. W kolejnych latach nastąpiły kolejne rozbudowy, które doprowadziły do znacznego zwiększenia możliwości kaplicy, która de facto przeistoczyła się w kościół. Mogła ona pomieścić nie bagatela trzy tysiące osób co jak na tamte czasy było bardzo dużo.
Rosnące zapotrzebowanie spowodowało, że parafia pod wezwaniem Świętej Barbary wymagała kolejnej rozbudowy, więc podjęto działania zmierzające do wybudowania nowego kościoła. W 1883 roku, podczas prac gruntowych okazało się, że woda podziemna oraz niski grunt uniemożliwiają pracę. Wymagane było wykonanie odpowiedniego drenażu. Oficjalnie całą budowę zakończono 29 maja 1886 roku.
Lata wojenne okazały się brzemienne w skutkach dla parafii. Jak wiadomo Warszawa została praktycznie zburzona. W kościele natomiast podczas ataków nastąpił wybuch amunicji, gdyż znajdował się tam magazyn Wojska Polskiego. Tuż po wojnie odbudową kościoła zajął się Stanisław Marzyński, a prace były wykonywane etapami. W pierwszej fazie odbudowano połowę transeptu oraz część fasady.
Dziś kościół nadal prosperuje oraz urządza pogrzeby na potrzeby okolicznych mieszkańców. Odbudowany i stale konserwowany budynek służy od setek lat i nic nie wskazuje na to, aby miało się to zmienić. Ceremonie pogrzebowe organizuje tam dom pogrzebowy, który w swojej ofercie posiada szereg kompleksowych usług związanych z pochówkiem zmarłych. Dzięki doświadczeniu zdobytemu przez wiele lat pracy jest on liderem na lokalnym rynku.